El genotipo, es el conjunto de genes que cada individuo ha heredado y que se reflejan en un determinado fenotipo o expresión de dichos genes. Este genotipo es esencialmente fijo, permanece constante a lo largo de toda la vida de un individuo y es inmodificable por efectos ambientales.
Dependiendo del medio ambiente un genotipo puede producir varios fenotipos diferentes o también varios genotipos pueden producir un solo fenotipo.
Toda la variabilidad genética de una especie, que se expresa a través de algunas características visibles en el fenotipo, pueden ser fiel reflejo del genotipo de la especie; estos caracteres son altamente heredables, presentan poca variabilidad y son poco influenciadas por el ambiente. Pero en cambio existen otros caracteres que son relevantes en la utilización de especies cultivadas, de tipo cualitativo y/o cuantitativo, que si son afectados por el ambiente y por tanto tienen poco o aceptable heredabilidad. Con la ayuda de aquellos caracteres fijos, poco influenciados por el ambiente, se puede mantener la identidad genética de una especie, lo que es sumamente importante en los procesos de fitomejoramiento.
Con la fecundación se unen los gametos, combinando dos conjuntos de genes uno de cada progenitor. Cada gen tiene una posición especifica dentro de un cromosoma que afecta a un carácter particular y está representado por dos copias, una procedente de la madre y otra del padre. Cada copia se localiza en la misma posición sobre cada uno de los cromosomas pares del cigoto.
Cuando las copias son idénticas se dice que el individuo es homocigoto para aquel gen en particular y cuando son diferentes, es decir cuando cada progenitor ha aportado una forma distinta de alelo del mismo gen, el individuo es heterocigoto para dicho gen. La forma de determinar el genotipo es a través de experimentos de reproducción o descendencia y no simplemente mediante el examen del fenotipo de un organismo.
