El fenotipo es la manifestación visible del genotipo en un determinado ambiente, por lo tanto, está determinado fundamentalmente por el genotipo o por la identidad de los alelos, los cuales, individualmente, cargan una o más posiciones en los cromosomas. Algunos fenotipos están determinados por los múltiples genes y además influenciados por factores del medio. De esta manera, la identidad de uno o de unos pocos alelos conocidos, no siempre permite una predicción del fenotipo. En este sentido, la interacción entre el genotipo y el fenotipo ha sido descrita usando siguiente ecuación: Fenotipo = Genotipo + Ambiente
La constitución genotípica de cada planta depende de cierta manera de la forma en que ésta se reproduce, por lo tanto, el sistema reproductivo de cada planta estará relacionado con el método específico que debe utilizarse para poder mejorarla.
Las plantas que se reproducen sexualmente mediante polinización pueden hacerlo de varías formas, ya sea fertilizándose a sí mismas o fertilizándose unas a otras entre individuos de la misma especie. Así, será importante determinar qué tipo de fertilización se da en cada especie a fin de poder manipular prácticas como las de polinización artificial antes de comenzar programas de mejora genética.
